哲学与科学的关系，是一个争论了几百年而到今天尚未解决的问题。近代以来，科学拓展了一场“民族独立运动”，开始从哲学的母体中解放出来，开疆拓土，地盘愈加大；而哲学则仿佛是旧时的宗主国，一退再退，领地愈来愈狭。于是不断有人预言：哲学马上终结；或者干脆断言：哲学已经终结了。与此相应，则是哲学的一些忠贞不渝的卫道者，主如果哲学界的人文主义者，他们针锋相对，捍卫哲学的尊严，然而他们抗争的呼声总是看上去那样的软弱无力；同时，哲学界还有一派科学主义者，他们事实上已舍弃了哲学的立场，他们的所谓“哲学”，实质上已经是科学而非哲学了。
今天，愈加多的人已经强烈地意识到，“哲学与科学之关系”已是一个无法避免、亟待回答的前沿问题。在这个问题上，大致不外两种对立的立场：
一种可谓“取代论”，这是科学主义者的看法，觉得科学产生之前，大家对世界的认识水平太有限，太“不科学”，只能聊以传统哲学的方法、即以“玄想”的方法去把握世界；而科学既经产生，哲学的认识方法就该退出历史舞台了。在科玄论战中，邓中夏的看法颇有代表性：“自从各种自然科学和社会科学发达之后，哲学的地位，已经被这类科学取而代之了。哲学的所谓本体论部分——形而上学，玄学鬼群众藏身之所——已被科学直接的或间接的打得烟消灰灭了。如今所残留而颇能立足的办法论部分，都是披上了科学的花衣，或是受过了科学的洗礼，如胡先生所信的实验主义，名义上虽则寄籍哲学，事实上科学乃是他的老家；由他们口口声声拿‘科学办法’做夸耀骄衿的无价之宝，便可以证明了。所以我的意思，哲学已是‘寿终正寝’，索性把哲学这一个名辞根本废除，免得玄学鬼象社鼠城狐一样，有所依据。”[21]
与此相对立的一种立场则可谓“分治论”，这是很多人文主义者的怎么看，或者说，是一种无奈的苦衷，一种“退守”的、略带几分伤感与苦涩的抗辩，觉得哲学与科学各有其疆域，应该“大路朝天，各走半边”，井水不犯河水；至于这种疆域具体怎么样划定，则又各说不一。
在我看来，“取代论”自有它的几分道理。传统的哲学“日不落帝国”对很多范围的统治，确实应该由科学的自治取代──事实上，这种事情早就开始发生并且仍在进行。但这个过程无论进行到哪一天，哲学都不可能最后被逐出精神生活的王国。只须人类存在一天，哲学就会存在一天，由于科学固然可以而且应该“拒斥形而上学”，但人却办不到，人不可以不与“形而上学”交际，由于“形而上学”乃是人之行为的思想首要条件、人之存活的精神条件。所以，“分治论”也有它相当的原因。康德说，他为理智划定界限，是为了给信仰留下地盘。这个说法颇有充分的理据，由于存在着如此一种论域，它是人之行为的必要首要条件，但科学或理智永远不可能“证明”它，而它正是哲学的论域。
但这种“分治”观假如仅仅停留于此，那还是不充分的。其实，更进一步考察起来，哲学的论域不只超越了科学，而且从根本上制约着科学；“形而上学”问题不只为人类平时行为、而且为科学提供首要条件──具体来讲，它所提供的，乃是人之任何行为所需要以之为首要条件、而又永远不可能被任何科学证明的“信念”。这种信念，就是关于“生活”、“存活”、“存在”或者“实在”的一种“认定”。没这种关于实在的信念，人，包含科学家，就没办法采取任何行动，而必然陷于比哈姆雷特的优柔寡断还要紧急万分的状况，只能坐以待毙。所以，吴稚晖当年曾指出：“即通明的哲人，早已不信上帝，尚坚称宗教可以与宇宙同尽。其实彼所指之同尽物，乃为宗教家久假不归的‘信仰心’而已。信仰心自然与宇宙同尽。”[22]此“信仰心”即指信念，它是与宇宙同一直的。难怪屠孝实评论吴稚晖：“惟吴君之倡导，仅谓玄学之倡导，无益于今日之中国，初非谓玄学绝对不可谈，此种议论，其所争既不过先后缓急之间，对于玄学之本身，未尝有不承认之意。”[23]
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